La plateforme BIOINFO assure un service d'appui et de développement en bioinformatique et informatique auprès des agents de l'Unité GDEC. Il s'agit de former et de répondre aux demandes d'utilisation des ressources de calculs, des outils informatiques et bioinformatiques, et d'accès aux données génomiques. Les missions de la plateforme sont aussi d'élaborer des stratégies d'analyses bioinformatiques et de développer des pipelines de traitement de données génomiques pour répondre aux enjeux prioritaires de l'Unité. Ses activités s'inscrivent également dans des projets de recherche et des collaborations scientifiques nationales et internationales.

Les technologies de génotypage et de séquençage, d'une part, et les infrastructures informatiques, d'autre part, sont en constante évolution. Afin de rester performante, la plateforme BIOINFO assure une veille technologique et scientifique dans les domaines du stockage de données, des environnements informatiques, du calcul scientifique, et des outils bioinformatiques adaptés aux données -omiques produites. Par ailleurs, le plateau BIOINFO respecte les pratiques FAIR avec le dépôt des scripts sur la forge institutionnelle Gitlab, l'utilisation de gestionnaires de workflow/environnements et la rédaction de PGD de projets/structure, et s'inscrit dans la démarche de la science ouverte avec la soumission des données sur les dépôts publics RDG, ENA, NCBI SRA).

La plateforme BIOINFO est par ailleurs membre de plusieurs réseaux métier INRAe (CATI SIP, GREP et BARIC; PEPI IBIS), ainsi que du réseau local AuBI  (Plateforme Auvergne BioInformatique). De plus, les ingénieures de la plateforme sont impliquées dans le Master Bioinformatique de l'UCA.

 Activités transversales

• Traitement de données génomiques
•    Assemblage hybride de génomes intégrant les technologies long-reads ONT/PacBio et données HiC
•    Annotation (éléments transposables, gènes) et analyse des génomes
•    Analyse de données de séquençage low-pass (séquençage faible profondeur)
•    Génomique comparative, pangénomique, phylogénie
•    Analyses différentielle d'expression (RNAseq)
•    Recherche de gènes homologues, gènes candidats
•    Développement de marqueurs moléculaires et calling de variants
• Formation bioinfo
•    Outils bioinfo, NGS, BLAST, etc.
•    Développement de pipeline avec gestionnaire de workflow (Snakemake, Nextflow)
•    Calculs distribués sur HPC
• Administration système et gestion des données
•    Assistance matérielle et logicielle
•    Interface avec les partenaires et fournisseurs de matériels informatiques
•    Administration des serveurs physiques et virtuels dédiés aux calculs, stockage, archivage

Projet de recherche

• Développements méthodologiques
•    Séquençage, assemblage, et annotation des génomes complexes
•    Imputation de génotypes à partir de données complètes de référence et de données de séquençage low-pass
•    Exploration de la variabilité génomique via l'approche de pangénomique
• Analyse de la diversité génétique du blé
•    Construction et caractérisation d'un pangénome de blé tendre
•    Analyse de la diversité des blés tendre français via l'imputation de données de séquençage low-pass

Membres de l'équipe 

• LASSERRE-ZUBER Pauline

  

  , IE, Responsable d'équipe
• RIMBERT Hélène

  

  , IE 
• PAILLER Vincent

  

  , IE CDD
• LELOUP Fabien

  

  , AI 
• OUANDAOGO-SALAMANE Djémilatou

  

  , apprentie IE

Anciens membres

• Frédéric CHOULET, IR, ancien responsable d'équipe
• Nathan PAPON (doctorant 2019-2023)
• Jean-François CHARMET, TR INRAE
• Romain DE OLIVEIRA, doctorant (09/2016-12/2019)
• Cécile MONAT, postdoc (03/2019-02/2021)
• Stagiaires :
  • Sophie TERRONE, M1 Bioinfo UCA (2025)
  • Loann LE MAGUER, M1 Bioinfo UCA (2024)
  • Matthaus SIRVENT, M1 Bioinfo UCA (2023)
  • Corentin BONHOMME, M1 Bioinfo UCA (2023)
  • Nezha WATIL, M2 Bioinfo UCA (2022)
  • Alice BRICHET DIT FRANCE, DUT GB Bioinfo UCA (2021)
  • Nolwenn PERARD, L3 GPIB Université de Poitiers (2021)
  • Emilie GERARD-MARCHANT, M2 Bioinfo UCA (2020)
  • Joris MORDIER, M1 Bioinfo UCA (2019)