Bioinformatique

Bioinformatique

La plateforme BIOINFO assure un service en bioinformatique et informatique dans l'unité et mène également des recherches sur les relations entre la structure, l'expression, et l'évolution du génome, et notamment sur le rôle des éléments transposables dans l'architecture génomique et l'adaptation.

Activités transversales

ANALYSES bioinformatiques des séquences et des données omiques

  • Assemblage des génomes, RNASeq, recherche de polymorphismes
  • Annotation et analyse des génomes
  • Génomique comparative, phylogénie
  • Recherche de gènes candidats, marqueurs moléculaires

FORMATION à l'analyse de séquences et à l'utilisation des outils bioinformatiques

  • Outils bioinfo, NGS, BLAST, etc.
  • Bash et calculs sur HPC
  • Galaxy

ADMINISTRATION des serveurs, gestion des données scientifiques et du parc de machines

  • Assistance matérielle et logicielle
  • Interface avec les partenaires et fournisseurs de matériels informatiques
  • Administration des serveurs physiques et virtuels dédiés aux calculs, stockage, archivage

 

Projet de recherche

Développements méthodologiques

  • Séquençage, assemblage, et annotation des génomes complexes
  • Exploration de la variabilité génomique

Biologie du génome

  • Dynamique des éléments transposables (TE) et variabilité génomique chez les Triticeae
  • TE et mécanismes d'adaptation
  • Régulation de l'activité des TE, impact de la polyploïdie et des introgressions

Dans ce dossier

2022 - Rôle des éléments transposables dans l'architecture du génome et la régulation de l'expression des gènes chez le blé

Date de modification: 20 septembre 2023 | Date de création : 27 février 2019 | Rédaction : Frédéric CHOULET