Robert Pauline

Depuis les années 1990, les rendements des cultures céréalières stagnent malgré un progrès génétique constant en sélection végétale. Cette dernière consiste à choisir la meilleure descendance d'un croisement ou d'une population pour un caractère cible sur la base d’évaluations phénotypiques. Cette stagnation est causée par les effets du changement climatique et l'évolution de la gestion des cultures qui contrebalancent l’effet du gain génétique. L'une des stratégies identifiées pour améliorer le progrès génétique consiste à utiliser des méthodes prédictives pour augmenter le nombre de candidats en sélection. La méthode de référence, appelée Sélection Génomique (SG), combine les marqueurs moléculaires à haute densité et des phénotypes pour calibrer un modèle prédictif. Ainsi il est possible de prédire le rendement de candidats non observés aux champs. Néanmoins, la mise en œuvre de la GS en sélection reste limitée en raison du coût élevé du génotypage. Rincent et al. (2018) ont proposé une nouvelle méthode appelée Sélection Phénomique (PS) qui remplace l’utilisation des marqueurs moléculaires par la spectroscopie proche infrarouge (NIRS). Pour chaque longueur d'onde, une plante absorbera plus ou moins de lumière en fonction de ses compositions chimique et génétique. Il est alors possible de caractériser la variété par un spectre d'absorbance. Cette technique, a l'avantage d'être plus abordable pour les sélectionneurs. L'objectif principal de cette thèse est de mieux définir et comprendre cette méthode afin d’améliorer les schémas de sélection du blé tendre. En raison de son développement récent, nous essaierons dans un premier temps de définir un cadre pour la PS en passant en revue la littérature. Deuxièmement, nous comparerons la PS à la GS qui est la méthode prédictive de référence en sélection végétale. Troisièmement, nous tenterons d'identifier les facteurs qui peuvent influencer la capacité de prédiction de la PS dans différents scénarios de prédiction. Enfin, avec les différents résultats obtenus dans cette thèse, nous proposerons des schémas de sélection alternatifs pour permettre l'application de la PS dans les programmes de sélection du blé tendre.

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