MAGATT

MAGATT - Marker Assisted Gene Annotation Transfert for Triticeae

MAGATT est un pipeline Snakemake qui permet de transférer une annotation structurale d'un génome de référence vers un autre génome nouvellement séquencé.

Il se base sur l'exploitation de données d'ISBPs tels que décrit dans les travaux de thèse de Romain De Oliveira et al. (https://doi.org/10.3389%2Ffgene.2020.00891)  afin de guider l'alignement des gènes sur le nouveau génome ciblé.

MAGATT à été développé dans le cadre de la ré-annotation de l'IWGSC Reference Sequence of Chinese spring version 2.1 (https://doi.org/10.1111%2Ftpj.15289)

Il a été aussi utilisé lors du transfert de l'annotation de Chinese spring sur le nouveau génome de référence du cultivar Renan (https://doi.org/10.1093/gigascience/giac034).

Le code source est disponible sur la plateforme GitLab de l'INRAE : https://forgemia.inra.fr/umr-gdec/magatt

Pour en savoir plus : https://umr-gdec.pages.mia.inra.fr/magatt